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El lago Rupanco se encuentra a los 700 msnm, tiene un área de 236 km2, una profundidad promedio de 162 m y una profundidad máxima de 275 m.
El Lago Rupanco y su valle, como los otros lagos de la zona, son de origen glaciar. Las glaciaciones del periodo cuaternario (2.588 A.P.) produjeron fuertes sobrexcavamientos, los que luego fueron ocupados por las aguas de fusión y se encontraron con un cordón morreico que actuó como represa, dando origen a las cuencas lacustres de las regiones de la Araucanía, los Ríos y Los Lagos.
Estos valles glaciares tienen en su base forma de U, a diferencia de los fluviales (modelados por los ríos) que tienen un fondo con forma de V. Los enormes glaciares con su peso y al derretirse, mediante las fuerzas de erosión, transporte y sedimentación, cincelaron la forma del valle, dejando el lago como huella de su paso.
La cuenca del Lago Rupanco se forma a través del aporte de 328 afluentes, de los cuales el más importante es el río Gaviotas. El río Rahue es el único efluente. Las altas precipitaciones anuales (1.800 mm en promedio), determinan el tipo de bosque siempreverde, dominando especies adaptadas a la alta humedad, siendo la Eco región de los Bosques Valdivianos prioritaria de conservación a nivel mundial.
De los 994 km2 que conforman la cuenca del lago, cerca de un 54% está cubierto de bosque nativo, el 20,5% de praderas, 22% de lava, 2,8% de matorral y quila y 0,9% de agua.
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